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校本管治給人的印象是放權給學校，讓學校自主，發揮本身的教育理念。但立法會在2004年通過的《校本條例》，規定津貼學校成立法團校董會，加入4成家長、教師和校友代表，令一些辦學團體覺得校本管治反而使本身的教育理念無法發揮。天主教香港教區就此與教育局打足4年官司，挑戰《校本條例》涉嫌違反《基本法》賦予宗教團體的辦學自由，本年2月初在上訴庭再度敗訴，教區對判決表示遺憾。
既然法團校董會的章程容許有6成的成員是來自辦學團體，是「多數派」，應不會削弱辦學團體的自主權，為什麼教區仍挑戰《校本條例》呢？其實天主教區在香港有百年以上的辦學歷史，有學校和幼稚園共297所，就讀學生約24萬人，其中不少校址都是教區的產業。如果教區在屬下所有的津校成立法團校董會，在每個法團校董會又要保持6成席位(假設需6人)，又如果每人只准同時擔任最多5間學校的校董，試問教區有足夠的合適人選出任所有的法團校董會嗎？估計對一個有二百多間學校的團體，這個問題不易解決，不過這仍然是技術層面的問題，未知是否還有更深層次的校本管治問題。
原以為校本管治是權力下放，讓辦學模式更多元化，但當校本管治遇上法團校董會時，大型辦學團體卻不得已地要挑戰《校本條例》。
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